Прошло два года с момента масштабного столкновения автоботов и десептиконов в Мишн-Сити. Зло вроде бы побеждено, останки Мегатрона — лидера десептиконов — затоплены на дне Атлантического океана. Отряд автоботов во главе сОптимусом Праймом получил масштабное пополнение и был объединён вместе с людьми Леннокса — теперь уже майора — в специальное подразделение под названием «NEST» (Networked Elements: Supporters and Transformers), которое базируется на острове Диего-Гарсия и занимается обезвреживанием оставшихся на планете десептиконов.

Очередная операция подразделения «NEST» проводится в Шанхае, где орудует громадный десептикон Демолишер. Оптимус Прайм вступает в сражение с Демолишером и наносит ему смертельную рану; но перед тем, как умереть, тот успевает произнести загадочную фразу: «Вам не править этой планетой… Падший восстанет…». Это звучит как предупреждение о какой-то новой серьёзной опасности. Однако именно в это время сотрудничество людей и автоботов оказывается под угрозой: в штаб «NEST» в Вашингтоне прибывает представитель президента Гелоуэй с предписанием автоботам покинуть Землю, объясняя это тем, что если они уйдут, десептиконы прекратят свои нападения. Оптимус Прайм принимает решение подчиниться, но он очень сомневается в том, что это действительно устранит все проблемы. К сожалению, он оказывается прав.