Когда небеса над Нью-Йорком разверзлись, а на город готовы обрушится полчища враждебных пришельцев, только четверка отважных черепашек-ниндзя может остановить вторжение. Они готовы к такому развитию событий, и у них есть план, как помешать Шреддеру осуществить задуманное. Да-да, это снова он, давний противник наших героев. Шреддер вступил в сговор с Крэнгом, существом из Измерения Икс.