Закоренелый преступник Каллум Линч оказывается спасён от казни таинственной корпорацией Abstergo Industries, являющейся современной реинкарнацией ордена тамплиеров. Теперь он вынужден стать частью проекта под названием Анимус. При помощи специальных технологий Каллум высвобождает генетическую память своего предка, ассасина Агилара из Испании XV века. Чем дольше Линч переживает воспоминания своего предка, тем больше опыта и навыков он приобретает для противостояния тамплиерам, извечным врагам ассасинов.